Cílem předmětu Bioetika a filozofie medicíny je, aby student medicíny získal schopnost samostatně myslet hodnoty i hodnotové souvislosti prolínající veškerou klinickou prací a vztahovat je skrze souzení ke konkrétním případům.
Takovéto myšlení je ovšem zacházením s abstraktními entitami a to je možné leda díky pojmům; pojmy vyjadřující hodnotovou stránku života ve svém dějinném pohybu a dosažené přesnosti jsou tudíž tím, co by měl budoucí lékař během kurzu pochopit.
Souběžně s tím je žádoucí cvičit v diskusi způsob vedení argumentace o praktických otázkách podle obecně logických pravidel tak, jak je to od počátku ve filosofii a na jiných lékařských fakultách ve vyspělých společnostech zvykem. Probírána je též hermeneutika coby nauka o rozumění, poněvadž toto je osou vztahu lékaře ke každému pacientovi bez rozdílů. Důraz se klade na kategorii autonomie tkvící
v pozadí práv pacienta a též na klasická pravidla hippokratovské přísahy; těžištěm je pak informovaný konsensus coby conditio sine qua non veškerého léčení i bádání.
Odkazy jsou při tom činěny k mezinárodním závazným dokumentům a kodexům i českým zákonům. Kromě těchto předpokladů se ovšem učitelé etiky úzkostlivě vyhýbají každé indoktrinaci s tím, že záměrem je, aby si student našel k hodnotám svůj vlastní vztah.
Vlastní aplikace se pak týká etických otázek počátku a konce života i některých dalších oblastí, od transplantací přes experiment na člověku až po alokaci vzácných zdrojů. Kromě toho jsou do kurzu zařazeny též otázky poněkud obecnějšího rázu, totiž pojem zdraví coby hodnota v medicíně zcela základní, vztah mysli a těla a smysl bolesti.
Z uvedeného vymezení vyplývá, že učitelé lékařské etiky nemají ambici změnit morálku či přímo charakter svých žáků: prostě to není v jejich kompetenci a silách, ačkoliv osobní příklad nelze nikdy zcela pominout.
Oním osobním působením se ovšem nikterak neliší od všech dalších učitelů, hlavně pak v klinických oborech. Tento bod si žádá zdůraznění: známka z etiky není známkou z mravů.
Takto vymezená bioetika pak přímo implikuje vazby k oborům dalším: předně k psychoterapii v tom, že s ní sdílí zájem o vůli včetně jejího zakotvení ve frontálních lalocích mozku. Tím je dána též příbuznost s psychiatrií a neurologií čili i vhodnost zařazení do modulu s těmito společného. Dále pak má bioetika ze své povahy těsný vztah k oborům: dějiny lékařství, veřejné zdravotnictví a z klinických předmětů hlavně interna, intenzivní medicína, genetika, chirurgie, gynekologie, onkologie, farmakologie (klinický výzkum) a transplantační medicína.
